Сделал на скорую руку, так что извиняйте.
Понадобится VirtualDubMod
Качаем
VirtualDubMod v1.5.10.2 b2542
1. Загружаем видео файл
2. Открываем поток
3. Добавляем поток
4. Нажимаем ОК
5. В Видео включаем прямое поточное копирование
6. Сохраняем
Если проблемы с синхронизацией звука видео то можно попробовать зделать так
